Danh sách 10 phòng trực thuộc:[5]

1. Phòng tiếp nhận và thu thập thông tin tội phạm (phòng 1)
2. Phòng Tham mưu tổng hợp (Phòng 2)
3. Phòng điều tra tội phạm xảy ra tại các tỉnh phía Bắc (Phòng 3)
4. Phòng điều tra tội phạm xảy ra tại các tỉnh miền Trung – Tây Nguyên, đặt tại TP Đà Nẵng (Phòng 4)
5. Phòng điều tra tội phạm xảy ra tại các tỉnh miền Nam, đặt tại TP Hồ Chí Minh (Phòng 5)
6. Phòng điều tra tội phạm tham nhũng, chức vụ xảy ra trong hoạt động tư pháp (Phòng 6)
7. Phòng kỹ thuật hình sự (Phòng 7)
8. Phòng điều tra tội phạm xảy ra tại các tỉnh miền núi phía Bắc, đặt tại tỉnh Yên Bái (Phòng 8)
9. Phòng điều tra tội phạm xảy ra tại các tỉnh Tây Nguyên, đặt tại tỉnh Đắk Lắk (Phòng 9)
10. Phòng điều tra tội phạm xảy ra tại các tỉnh Tây Nam bộ, đặt tại TP Cần Thơ (Phòng 10).